医院始建于1952年,原名永定路医院。
1989年纳入全国第一批中西医结合医院,更名为北京市中西医结合医院;
2017年获批三级甲等中西医结合医院;
2021年正式更名为北京中西医结合医院。历经70年的历史积淀,已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体,以中西医结合为特色的三级甲等中西医结合医院。是国家中医药管理局第三批重点建设中西医结合医院,海淀区中西医结合健康养老示范基地和指导中心、海淀区区域中医医疗中心和中西医结合医疗中心、海淀区中西医结合专科医联体核心医院,在海淀区中医药创新发展中发挥示范引领作用。